O ECF é um pouco rígido no que se refere ao cancelamento de notas. O cupom só poderá ser cancelado se tiver sido o último emitido. Por exemplo: foi emitido o cupom de número 520 e logo após um de número 521. Se por algum motivo a venda 520 tiver de ser cancelada ela não poderá ser cancelada no ECF, pois ele só permitirá o cancelamento do cupom 521, que foi o último emitido. Isso é uma exigência do fisco e não pode ser alterado pelo programa de caixa.
Após o cancelamento de um cupom, o ECF emite um registro de cancelamento vinculada ao cupom cancelado.