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- Aba "Notas Fiscais a serem processadas": Depois de feito todos os "DE/PARA" o CT-e irá para a aba "Notas Fiscais a serem processadas". Nesta foi criada uma nova aba "Notas Vinculadas", que mostrará todas as chaves de acessos que o CT-e possui. Caso estas chaves de acesso ainda não estejam no SisPetro não acontecerá nada, apenas não será feito o vinculo do Frete.
Através do botão 
é possível realizar o vinculo da nota, selecionando a nota a ser vinculada através da tela Seleção de Notas Fiscais.
Para realizar o vinculo manual basta buscar a nota a ser vinculada, após encontrar a nota selecionar a nota, clicar no botão 
depois em 
A partir da versão 8.36 o vínculo da nota fiscal é realizado de forma automático caso no XML a tag <RefNF> esteja preenchida com uma chave existente no Sispetro.
Se houver uma NF no Sispetro igual a chave de acesso informado no XML, é validado se ela:
- É da mesma Entidade
- É da mesma Empresa
- É não cancelada
A partir da versão 9.31, a importação de NF-e, passará a considerar os dados do FCP de NFs emitidas por terceiros. Os dados serão exibidos a aba Dados FCP da tela de Alteração - Importação de NF.
Estes vínculos podem ser verificados pela Manutenção de Notas Fiscais aba "Fiscal" sub aba "Documentos Fiscais Vinculados por Nota". Nela serão exibidos todos os vínculos que a NF possuí, esteja ela vinculada ou referenciada.
Pode ser verificado o vínculo do Conhecimento com os Fretes, através da tela Manutenção de Frete.
A partir da versão 9.31, a importação de NF-e, passará a considerar os dados do FCP de NFs emitidas por terceiros. Os dados serão exibidos a aba Dados FCP da tela de Alteração - Importação de NF.