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Obtenção do Protocolo

A comunicação era assíncrona: primeiro se obtém o recibo para depois obter o protocolo.

A comunicação é síncrona: numa única comunicação se obtém o protocolo.

O SisPetro fará a primeira comunicação como se fosse obter o Recibo. Ao salvar os dados, salvará também o Protocolo.
A comunicação para obter o Protocolo só será feita se tiver recibo e não tiver protocolo (o que atende UF que estejam na versão 3.0 e nunca acontecerá quando estiverem na versão 4.0)

Denegação Interestadual (CT-e emitido para entidades com problemas na SEFAZ)

Ao enviar para SEFAZ o CT-e retornava como Denegado, não podendo ser cancelado (pois era equivalente ao CT-e autorizado).

O CT-e não será autorizado e será tratado como os demais casos sem autorização, não precisando ficar armazenado.

o SisPetro só grava como CT-e denegado quando é retornado o Status 301 ou 302 e a SEFAZ retornará outro status.

Inutilização (por intervalo ou no cancelamento de CT-e não autorizado)

Havia um serviço específico para inutilização. Ele é automático quando um CT-e não autorizado é cancelado e o usuário não alterou a opção para Não processar na SEFAZ.

Não há serviço de inutilização. 

Utilizando a versão 4.0 00 não haverá CT-e de inutilização.

CT-e anulação

Para substituir um CT-e era necessário ter uma Anulação do CT-e original (NF-e ou CT-e) para depois se emitir um CT-e de Substituição.

Não será mais necessário ter um CT-e de Anulação.

Utilizando a versão 4.0 00 não haverá CT-e de anulação.

CT-e substituição

O CT-e de Substituição tinha que se referenciar a uma NF-e ou a um CT-e de Anulação.

Não será mais necessário ter a referência a um CT-e de Anulação.
Só deverá ser emitido quando o CT-e anterior não puder ser cancelado ou ajustado via carta de correção.

Utilizando a versão 4.0 não haverá  a necessidade de referenciar um CT-e de anulação, a menos que o CT-e anterior não puder ser cancelado ou ajustado via carta de correção.