Visando aumentar a segurança do Sispetro, à partir da versão 8.1, torna-se obrigatório a ativação do Servidor Sispetro de Segurança (S3).
Este servidor (que pode ser o mesmo Servidor Sispetro atual) tem uma característica importante: ele é único por banco de dados. Atualmente, o usuário pode subir quantos servidores sispetro desejar porém somente um poderá ser o servidor sispetro de segurança. Ele irá controlar toda a infra-estrutura de segurança, desde o número de usuários conectados ao banco, até a ativação de novas versões.