Sua função será controlar toda a infra-estrutura infraestrutura de segurança, desde o número de usuários conectados ao banco, até a ativação de novas versões.
Este servidor tem uma característica importante: ele é único por banco de dados. Atualmente, o usuário pode subir quantos Servidores Hermes desejar, porém somente um poderá ser o Servidor Hermes de Segurança S3.
Para definir é bem simples: no Controlador Hermes selecione o Servidor Hermes e clique no botão 
Os serviços que são ou devem, obrigatoriamente, ser executados em um S3 são:
- Serviço de Email de Saída - Envio: ativado e usuário pode configurar para não iniciar automaticamente
- Serviço de Email de Saída - Geração: ativado e usuário não pode configurar para não iniciar automaticamente
- Serviço de Email de Saída - Limpeza: ativado e usuário pode configurar para não iniciar automaticamente
Serviço de Limpeza de Memória: interno dos Servidores Hermes para evitar uso excessivo de memória da máquina.
Serviço de Movimentação XML Sefaz- Serviço de Chaves: ativado somente no S3 e sem intervenção do usuário.