Sua função será controlar toda a infra-estrutura de segurança, desde o número de usuários conectados ao banco, até a ativação de novas versões.
Este servidor tem uma característica importante: ele é único por banco de dados. Atualmente, o usuário pode subir quantos Hermes Servidores desejar, porém somente um poderá ser o Hermes Servidor de Segurança.
Para definir é bem simples: no Hermes Controlador selecione o Hermes Servidor e clique no botão 
Os serviços que são ou devem, obrigatoriamente, ser executados em um S3 são:
- Serviço de Email de Saída - Envio
- Serviço de Email de Saída - Geração
- Serviço de Email de Saída - Limpeza
Serviço de Limpeza de Memória: interno dos Hermes Servidores para evitar uso excessivo de memória da máquina.
- Serviço de Movimentação XML Sefaz
- Serviço de Chaves: ativado somente no S3 e sem intervenção do usuário.