Menu ferramentas/sistema/nota fiscal
Habilitar o checkbox, pois caso não assinalado o sistema não enviará o e-mail com a NF-e.
Menu Tabelas auxiliares/Vendas/Tipo de Cobrança ir na aba Por Empresa/Informações Sobre a Cobrança
É necessário habilitar o envio da cobrança por e-mail também, caso não seja, não aparecerá a opção para enviar por e-mail.
Ver também:
Configuração de "Filial x Conta"